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2023年1月5日上午，北京市疾病预防控制中心新址建设项目在北京市通州区宋庄镇双埠头工业园区开工建设，建筑总面积为12.45万平米，规划工期939天，计划于2025年7月完工。与原址相比，新址的实验用房面积从2.4万平米增加为4.6万平米，将近翻了一番，新址建成后实验室检测能力将从现有的1100项增加到1800项，微生物、理化检测量都可以在现有基础上实现翻番。同时新址还将建成独立的公共卫生突发事件紧急应对中心，健康教育体验中心、菌毒种保藏中心以及融合科研教学的全球健康中心，从健康知识普及、人才培养、科学研究、健康信息整合以及突发事件处置等方面全方位提升北京市疾控中心各项业务能力，这是北京市加强全市公共卫生体系建设、完善重大疫情防控机制、增强公共卫生能力的一项重大举措。